Veja bem, Clara começou a sua jornada como uma garota normal, "mais assustada do que aparenta" como disse Emma Grayling em Hide, e sua fé no Doctor foi o que fez dela uma heroína em certas ocasiões - mas sem ferir sua moral ou deixá-la menos humana. Isso foi algo que permaneceu por bastante tempo, e mesmo depois da mudança radical de uma regeneração para outra, ela foi passando a se acostumar com a personalidade do 12th, e a forma como ela enxergava o permaneceu. Porém, quando o Doctor mudou, Clara perdeu o controle que antes ela tinha da situação, e o lado frio do Time Lord começou a exercer mais influência nela.

Devido a essa influência, já vemos uma grande mudança naquela menina assustada da temporada 7b em The Caretaker, e os indícios de que ela estava ficando viciada nessa vida na TARDIS já começaram a ser mostrados ali. Devido ao dilema de Kill the Moon, esse vício foi alimentado e como consequência, Clara foi se acostumando cada vez mais a vida de mentiras e a natureza fria do Doctor, tornando-a mais racional e menos emotiva. Tanto que, quando alguém morre aqui, ela não fica se lamentando; Pelo contrário, a companion age como o seu "herói" e não parece ligar pra isso - algo que, em uma época diferente, não seria o caso.

Mas a "Doutora Oswald" ainda tem seus momentos como Clara, o principal é quando Rigsy, o seu companion da história, tenta se sacrificar para o bem maior e ela se recusa a aceitar isso. Ela também abraça sua capacidade aqui, e ao invés de ficar pensando no que o Doctor faria, quando se encontra em uma situação que o Time Lord não pode mais ajudar, ela se questiona sobre o que ela pode fazer.

Só que apesar de toda essa tensão e desenvolvimento "sombrio" da Clara, o episódio ainda consegue ter um clima equilibrado, e ter o Doctor na TARDIS encolhida contribui pra isso, porque é o que gera alguns dos momentos mais engraçados da temporada, aproveitando todo o humor visual da situação.
Aliás, mesmo com o Doctor preso, o plot faz questão de mante-lo presente durante todo o episódio, e uma vez que Clara consegue resolver o problema do encolhimento, ele volta a assumir seu papel como o "homem que impede os monstros", e os minutos finais são exclusivamente dele.

No entanto, quando tudo é resolvido, ele parece mais incomodado do que aliviado, e isso se deve a forma que Clara - que deveria ser a sua consciência e o seu lado bom -, se tornou tão semelhante a ele.

Aqui, a gente ainda vê o quanto o Time Lord tem aversão a própria imagem: "Você foi um Doctor excepcional Clara, mas bondade não tem nada a ver com isso."

No fim das contas, o que conforta o Doctor, é a ideia de que ele torna as pessoas melhores, mas agora ele ta sendo forçado a concluir que ele ta sendo o pior pra Clara, mesmo que ela se orgulhe do que está se tornando. O que nos leva a aparição "surpresa" da Missy.

Primeiro quero dizer que mais uma vez Moffat jogou minhas teorias pela janela, e isso em apenas 5 segundos de cena e um frase! Mas enfim. 

Missy deixou evidente ao final do episódio que se orgulha da forma que Clara tem agido. Para ela, Clara foi a escolha ideal, fazendo parecer com que toda essa mudança na companion já tivesse sido planejada, e nos levando a crer ainda mais que ela tem certa influência sobre o que ta acontecendo -como já estava subentendido desde Deep Breath. 

O arco da temporada então fica mais claro a cada episódio, as peças continuam se juntando e a finale só vai acumulando expectativa. De fato Flatline foi muito mais importante do que parecia e novamente a 8ª temporada merece elogios pelo seu planejamento, triste é ver que pouca gente tem notado isso.

Obs 1: Só pra acrescentar que uma das coisas que eu mais gosto da Clara é a sua moral, e não sei se to gostando do fim que esse arco dela vai ter